20世紀末の現代、高校生の火野ヤマトは体(tǐ )育(yù )館で自分の名を呼ぶ巨大な「魔神」の幻影を見る。幻を振り払おうとするヤマトであったが、「魔神」とともに「見知らぬ女性」の声が聞(wén )こえたとき、ヤマトは声(shēng )に歩(bù )み寄(jì )ってしまう。 ヤマトが「魔神」によって運ばれた先は1万年前に地殻変動で海に沈んだはずのムー大陸であった。訳が判らないヤマトに対しムーの民たちは彼を「マジンガーが選んだ救世主」と持ち上げる。彼らムーの民の守護神こそ、彼を現(xiàn )代(dài )から過(guò )去(qù )に運(yùn )んだゴッドマジンガーであった。そんな折、ムーの民と拮抗する勢力であるドラゴニ