20世紀末の現代、高校生の火野ヤマトは体育館で自分の名を呼ぶ巨大な「魔(mó )神(shén )」の幻(huàn )影(yǐng )を見(jiàn )る。幻(huàn )を振(zhèn )り払(fǎn )おうとするヤマトであったが、「魔神」とともに「見知らぬ女性」の声が聞こえたとき、ヤマトは声に歩み寄ってしまう。 ヤマトが「魔神」によって運ばれた先は1万年前に地殻変動で海に沈んだはずのムー大陸であった。訳が判らないヤマトに対(duì )しムーの民(mín )たちは彼(bǐ )を「マジンガーが選(xuǎn )んだ救世主」と持ち上げる。彼らムーの民の守護神こそ、彼を現代から過去に運んだゴッドマジンガーであった。そんな折、ムーの民と拮抗する勢力であるドラゴニ